Стив Роджерс старается поддерживать тех, кто потерял близких, а Наташа Романофф сохраняет связь между оставшимися героями. Тони Старк отдалился от команды и дорожит семьёй, которую ему удалось сохранить после катастрофы. Их надежды оживают с возвращением Скотта Лэнга. Он провёл в квантовом мире совсем немного времени, хотя на Земле миновали годы, и предлагает использовать это различие, чтобы добраться до Камней в прошлом. Для воплощения идеи нужны знания Старка и Бэннера и согласие товарищей снова действовать сообща. Каждый должен решить, готов ли он оставить нынешнюю жизнь ради попытки вернуть исчезнувших.

Стив Роджерс видит в новом договоре нарушение гражданских прав и отказ от всего, во что он верит. Он не готов передавать решения о спасении людей политикам, открыто выступает против нового порядка и собирает вокруг себя героев, разделяющих его взгляды. Тони Старк, известный как Железный человек, напротив, считает, что героям необходимы рамки и ответственность перед обществом, поэтому возглавляет сторонников соглашения. Чтобы усилить свою команду, Старк привлекает юного Питера Паркера, скрывающегося под маской Человека-паука. Пока Старк и Роджерс сражаются друг с другом, в тени действует таинственный Барон Земо, который строит свои планы и рассчитывает воспользоваться расколом величайших героев Земли.

Тони Старк давно ждал угрозы из космоса и теперь пытается перехватить инициативу, хотя союзников рядом почти нет. Питер Паркер замечает корабль пришельцев из окна школьного автобуса и вмешивается, несмотря на то что Старк велит ему держаться в стороне. Доктор Стрэндж поклялся любой ценой уберечь свой камень, и эта клятва расходится с желанием остальных спасать каждого. Тор, потерявший дом, объединяется со Стражами Галактики, среди которых Гамора — приёмная дочь Таноса, лучше других знающая, на что он способен. Вижн и Ванда пытаются скрыться, понимая, что камень во лбу андроида делает его мишенью. Каждый из героев ищет свой способ остановить Таноса, и от того, успеют ли они объединиться, зависит судьба не только Земли, но и всей вселенной.

Тем временем Нью-Йорк захлёстывает череда новых преступлений, и её след ведёт к одному из самых грозных врагов, с какими Питеру доводилось сталкиваться, могущественному злодею, которого никто не может даже увидеть. Не исключено, что именно пугающая трансформация Питера окажется единственным способом защитить город и тех, кого он любит.

Стрэндж соглашается прочитать опасное заклинание, но Питер то и дело перебивает его, прося сохранить память о себе близким, и чары выходят из-под контроля. В его мир начинают проникать опасные гости из других вселенных, которым известно, кто такой Питер Паркер: Доктор Осьминог, Зелёный гоблин, Электро, Песочный человек и Ящер. Стрэндж хочет поскорее вернуть незваных пришельцев в их миры, но Питер, которого поддерживает тётя Мэй, считает, что каждый из них заслуживает шанса на исцеление, и решается пойти наперекор чародею.

Однажды Питер натыкается на преступников, которые торгуют необычайно мощным оружием. За этим бизнесом стоит Эдриан Тумс: когда-то правительственное ведомство, созданное при участии Старка, отобрало у его фирмы подряд на расчистку города после битвы за Нью-Йорк, и Тумс начал тайно наживаться на инопланетных технологиях, которые успел припрятать. В механическом крылатом костюме Стервятника он опасен даже для опытного героя, но Питер, вопреки предостережениям наставника, решает остановить его сам.

На помощь горожанам приходит Квентин Бек, загадочный воин в плаще и шлеме, который утверждает, что прибыл из параллельной Земли, погибшей от нашествия таких же стихийных чудовищ. Итальянское телевидение окрестило его Мистерио, а Ник Фьюри, не привыкший к отказам, меняет маршрут школьной поездки, чтобы Питер помог новому союзнику. Вдобавок Фьюри передаёт Питеру очки, которые Тони Старк оставил ему в наследство вместе с доступом к своим разработкам, и груз такой ответственности кажется ему непосильным. Питеру снова приходится выбирать между долгом героя и желанием просто побыть обычным подростком.