Во главе команды теперь Скотт Саммерс, известный как Циклоп. Новая роль даётся ему тяжело: не все соратники принимают его лидерство, а сам он чувствует себя скованным ответственностью, к которой не был готов. Положение усложняется тем, что его жена Джин Грей ждёт ребёнка. Она предлагает мужу оставить команду и растить сына или дочь вдали от постоянных схваток и угроз. Перед Скоттом встаёт выбор между семьёй и делом, которое профессор Ксавье доверил своим ученикам. Остальные члены команды тоже ищут своё место в изменившемся мире, где мутанты вроде бы получили официальное признание, но всё ещё остаются мишенью для недоверия и вражды.

Питер хочет стать настоящим героем и защищать соседей, однако дорога к этой цели оказывается какой угодно, только не обычной. Днём ему приходится справляться со школьными заботами: заводить друзей, искать своё место среди сверстников и не отставать в учёбе. В остальное время он осваивает способности и учится пользоваться ими ответственно. Старшая школа приносит ему не только союзников, но и будущих врагов, и каждое новое знакомство заставляет героя решать, как совместить тайную жизнь Человека-паука с заботой о тёте Мэй и собственными планами на будущее.

Питеру предстоит понять, что умение доверять напарникам и делить с ними трудности значит не меньше, чем способность лазить по стенам и ловко обращаться с паутиной. Майлз и Гвен — не помощники на подхвате, а полноправные партнёры, поэтому решения приходится принимать вместе, учитывая силы каждого. Друзьям противостоят злодеи, давно известные по историям о Человеке-пауке: могучий Носорог, Доктор Осьминог с механическими щупальцами и Зелёный гоблин. Каждый из них по-своему угрожает городу, и одолеть их может только слаженная команда, в которой каждый герой занимает своё место.