Стив Роджерс старается поддерживать тех, кто потерял близких, а Наташа Романофф сохраняет связь между оставшимися героями. Тони Старк отдалился от команды и дорожит семьёй, которую ему удалось сохранить после катастрофы. Их надежды оживают с возвращением Скотта Лэнга. Он провёл в квантовом мире совсем немного времени, хотя на Земле миновали годы, и предлагает использовать это различие, чтобы добраться до Камней в прошлом. Для воплощения идеи нужны знания Старка и Бэннера и согласие товарищей снова действовать сообща. Каждый должен решить, готов ли он оставить нынешнюю жизнь ради попытки вернуть исчезнувших.

Стив Роджерс видит в новом договоре нарушение гражданских прав и отказ от всего, во что он верит. Он не готов передавать решения о спасении людей политикам, открыто выступает против нового порядка и собирает вокруг себя героев, разделяющих его взгляды. Тони Старк, известный как Железный человек, напротив, считает, что героям необходимы рамки и ответственность перед обществом, поэтому возглавляет сторонников соглашения. Чтобы усилить свою команду, Старк привлекает юного Питера Паркера, скрывающегося под маской Человека-паука. Пока Старк и Роджерс сражаются друг с другом, в тени действует таинственный Барон Земо, который строит свои планы и рассчитывает воспользоваться расколом величайших героев Земли.

Тони Старк давно ждал угрозы из космоса и теперь пытается перехватить инициативу, хотя союзников рядом почти нет. Питер Паркер замечает корабль пришельцев из окна школьного автобуса и вмешивается, несмотря на то что Старк велит ему держаться в стороне. Доктор Стрэндж поклялся любой ценой уберечь свой камень, и эта клятва расходится с желанием остальных спасать каждого. Тор, потерявший дом, объединяется со Стражами Галактики, среди которых Гамора — приёмная дочь Таноса, лучше других знающая, на что он способен. Вижн и Ванда пытаются скрыться, понимая, что камень во лбу андроида делает его мишенью. Каждый из героев ищет свой способ остановить Таноса, и от того, успеют ли они объединиться, зависит судьба не только Земли, но и всей вселенной.

Пришелец дарит Эдди огромную силу, скорость и способность быстро восстанавливаться, но вместе с ними в голове журналиста поселяется чужой голос. Веном жесток, не признаёт компромиссов и с удовольствием расправляется с противниками, а договориться с ним почти невозможно. Эдди пытается сохранить контроль над собственным телом и одновременно спастись от людей корпорации, которые хотят вернуть сбежавший образец. Их руководитель одержим идеей соединить человека с симбиотом и ищет подходящего носителя для существа, которое нужно ему самому. Эдди же поначалу хочет лишь выжить, восстановить доброе имя и объясниться с бывшей невестой. Постепенно ему приходится полагаться на новые способности, чтобы остановить опасные планы корпорации, и мириться с тем, что его вынужденный союзник совсем не похож на героя.

Тем временем Нью-Йорк захлёстывает череда новых преступлений, и её след ведёт к одному из самых грозных врагов, с какими Питеру доводилось сталкиваться, могущественному злодею, которого никто не может даже увидеть. Не исключено, что именно пугающая трансформация Питера окажется единственным способом защитить город и тех, кого он любит.

Однажды Питер натыкается на преступников, которые торгуют необычайно мощным оружием. За этим бизнесом стоит Эдриан Тумс: когда-то правительственное ведомство, созданное при участии Старка, отобрало у его фирмы подряд на расчистку города после битвы за Нью-Йорк, и Тумс начал тайно наживаться на инопланетных технологиях, которые успел припрятать. В механическом крылатом костюме Стервятника он опасен даже для опытного героя, но Питер, вопреки предостережениям наставника, решает остановить его сам.

На помощь горожанам приходит Квентин Бек, загадочный воин в плаще и шлеме, который утверждает, что прибыл из параллельной Земли, погибшей от нашествия таких же стихийных чудовищ. Итальянское телевидение окрестило его Мистерио, а Ник Фьюри, не привыкший к отказам, меняет маршрут школьной поездки, чтобы Питер помог новому союзнику. Вдобавок Фьюри передаёт Питеру очки, которые Тони Старк оставил ему в наследство вместе с доступом к своим разработкам, и груз такой ответственности кажется ему непосильным. Питеру снова приходится выбирать между долгом героя и желанием просто побыть обычным подростком.

Одинокий инженер «Оскорпа» Макс Диллон, которого никто не замечает, становится преданным поклонником Человека-паука после того, как тот спасает ему жизнь. Несчастный случай в лаборатории с генетически изменёнными электрическими угрями превращает Макса в существо, способное поглощать и направлять электричество. Озлобленный на весь мир Электро обрушивает свою ярость на Нью-Йорк, и Питеру приходится разрываться между долгом героя, старой дружбой и чувствами к Гвен.

Надеясь больше узнать об отце, Питер сближается с Коннорсом и делится с ним формулой из отцовских записей, которая помогает учёному продвинуться в опытах по регенерации. Коннорс мечтает отрастить утраченную руку и под давлением руководства испытывает сыворотку на себе, но превращается в огромного Ящера. Понимая, что сам помог выпустить чудовище на улицы Нью-Йорка, Питер в образе Человека-паука пытается остановить Коннорса, а отец Гвен, капитан полиции Джордж Стейси, считает опасным преступником самого героя в маске.

Между тем Гарри финансирует работу блестящего учёного Отто Октавиуса, которым Питер искренне восхищается. Октавиус пытается создать неисчерпаемый источник энергии на основе термоядерного синтеза и управляет реактором с помощью четырёх механических щупалец, подключённых к его нервной системе. Публичная демонстрация опыта заканчивается катастрофой: щупальца, наделённые искусственным интеллектом, подчиняют себе волю учёного, и Октавиус становится Доктором Осьминогом, готовым на любое преступление, лишь бы довести эксперимент до конца. Питеру предстоит сделать трудный выбор между личным счастьем и ответственностью перед городом.